La presencia de la Orden de la Merced en Guatemala, comienza con la presencia de Fray Bartolomé Olmedo, de quien se dice que posiblemente fue el primer sacerdote que pisó Guatemala por los años 1515. Los mercedarios fundaron el primer convento en Santo Domingo alrededor de 1514; en Panamá, en 1522; en León de Nicaragua, en 1528; en Santa Marta, Colombia en 1530. En América del Sur y Guatemala, en 1536. Finalmente en México en 1592. En mayo de 1563 se creó la Provincia de Nuestra Señora de la Presentación y si bien en esa fecha no era todavía casas formadas, si estaba a punto de serlo las encomiendas de Huehuetenango, San Pedro Sacatepéquez y San Juan Ostuncalco en la sierra de Guatemala.
La obra de los mercedarios fue ingente y no solo la construcción del templo y convento tal como se puede observar, en La Antigua como en la ciudad Capital.
La primera Iglesia fue el centro residencial y formativo que estuvo vigente hasta el año de 1773, fecha en la cual la Antigua fue trasladada a donde se encuentra hoy la Nueva Guatemala de la Asunción, conocido el lugar como «Valle de la Ermita»; con esto quiero indicar que el templo quedó no solo en ruinas por el terremoto , sino totalmente despojado de su ornamentación: Retablos, Imágenes, Pinturas, Vasos Sagrados y objetos de culto fueron estas dos iglesias en forma consecutivas en donde los religiosos hicieron un gran apostolado atendiendo a las personas que día a día y domingo a domingo asistieron a oír la Santa Misa y a recibir los medios de santificación, especialmente el Sacramento de la Confesión.
Además la Merced era el convento mayor de donde los religiosos salían periódicamente a ejercer su apostolado. Así sabemos que los mercedarios cristianizaron a los indios lacandones que estaban ubicados en San Mateo Ixtatán en el departamento de Huehuetenango, habiendo sufrido muchas dificultades. También trabajamos arduamente los mercedarios en la Cristianización de los indios en Peten Itzá y en otros muchos lugares de Guatemala y de Centroamérica.
La segunda venida de los mercedarios en Guatemala.
En febrero de 1962 llegan los padres mercedarios José María Fabián Rubio, Ignacio Zúñiga Corres, y Fray Celso Leal Requejo, con el objeto de fundar una casa en Guatemala; después de haber estado hospedados con los Padres Franciscanos, posteriormente residieron en la octava calle de la zona nueve frente al parque de la Industria, el 10 de Febrero de 1964 el Señor Arzobispo Mariano Rosell y Arellano les entregó la iglesia de Belén, a la que incorporó el Padre Antonio López Martín, como capellán el 5 de Julio de 1964. El 16 de junio de 1,966, los Padres Franciscanos Gargallo y Ángel Tello Lecina pasan a formar la segunda comunidad mercedaria a Quetzaltenango.
A raíz del terremoto de 1,976 el 30 de Abril Mario Cardenal Casariego nos entregó la iglesia de Capuchinas primero para descombrarla y después de haber realizado ese trabajo, para reconstruirla y es así como el 19 de marzo de 1,981 se inauguró la iglesia de Capuchinas en el aspecto arquitectónico. El 30 de Abril de 1976, nos entregó la parroquia de San Sebastián, de la Merced de la Antigua Guatemala, por medio del Obispo Auxiliar Monseñor Ricardo Ham. Posteriormente se construyó el seminario mercedario en Ciudad San Cristóbal Mixco.
El 23 de marzo de 1,980 se fundó la casa de Fátima en Panamá y el 14 de noviembre de 1,985, la parroquia de Nuestra Señora de la Merced. En 1996 se fundó la casa de El Salvador, en la ciudad Mereliot, Antigua Cuscatlán